Các căn cứ để ấn định thuế đang được quy định tại điều 15 tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế số: 38/2019/QH14 bao gồm như sau:
1. Người nộp thuế bị ấn định từng yếu tố liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp
a) Tổ chức, cá nhân bị ấn định từng yếu tố liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp khi thuộc một trong các trường hợp sau đây:
a.1) Qua kiểm tra hồ sơ khai thuế, cơ quan thuế có căn cứ cho rằng người nộp thuế khai chưa đầy đủ hoặc chưa chính xác các yếu tố làm cơ sở xác định số tiền thuế phải nộp, đã yêu cầu người nộp thuế khai bổ sung nhưng người nộp thuế không khai bổ sung hoặc khai bổ sung không chính xác, trung thực theo yêu cầu của cơ quan thuế.
a.2) Qua kiểm tra sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp của người nộp thuế hoặc qua kiểm tra, đối chiếu, xác minh, sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ của tổ chức, cá nhân có liên quan, cơ quan thuế có cơ sở chứng minh người nộp thuế hạch toán không chính xác, không trung thực các yếu tố liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp.
a.3) Hạch toán giá bán hàng hóa, dịch vụ không đúng với giá thực tế thanh toán làm giảm doanh thu tính thuế hoặc hạch toán giá mua hàng hóa, nguyên vật liệu phục vụ cho sản xuất, kinh doanh không theo giá thực tế thanh toán phù hợp với thị trường làm tăng chi phí, tăng thuế giá trị gia tăng được khấu trừ, giảm nghĩa vụ thuế phải nộp.
a.4) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế nhưng không xác định được các yếu tố làm cơ sở xác định căn cứ tính thuế hoặc có xác định được các yếu tố làm cơ sở xác định căn cứ tính thuế nhưng không tự tính được số tiền thuế phải nộp.
a.5) Thuộc một trong các trường hợp quy định tại khoản 10, 11, 12 Điều 14 Nghị định 126/2020/NĐ-CP.
b) Căn cứ ấn định thuế
b.1) Đối với người nộp thuế là tổ chức
Căn cứ cơ sở dữ liệu của cơ quan quản lý thuế và cơ sở dữ liệu thương mại; tài liệu và kết quả kiểm tra, thanh tra còn hiệu lực; kết quả xác minh; số tiền thuế phải nộp bình quân tối thiểu của 03 cơ sở kinh doanh cùng mặt hàng, ngành, nghề, quy mô tại địa phương; trường hợp tại địa phương, cơ sở kinh doanh không có hoặc có nhưng không đủ thông tin về mặt hàng, ngành, nghề, quy mô cơ sở kinh doanh thì lấy thông tin của cơ sở kinh doanh tại địa phương khác để thực hiện ấn định theo từng yếu tố.
b.2) Đối với cá nhân chuyển nhượng, nhận thừa kế, quà tặng là bất động sản
Cơ quan thuế ấn định giá tính thuế trong trường hợp xác định được cá nhân kê khai, nộp thuế với giá tính thuế thấp hơn so với giá giao dịch thông thường trên thị trường. Giá tính thuế do cơ quan thuế ấn định phải đảm bảo phù hợp với giá giao dịch thông thường trên thị trường nhưng không thấp hơn giá do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố quy định tại thời điểm xác định giá tính thuế.
c) Trên cơ sở từng yếu tố bị ấn định, cơ quan thuế xác định số thuế phải nộp theo quy định của pháp luật thuế hiện hành.
2. Người nộp thuế bị ấn định số tiền thuế phải nộp theo tỷ lệ trên doanh thu theo quy định của pháp luật, như sau:
a) Tổ chức nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp kê khai bị ấn định số tiền thuế phải nộp theo tỷ lệ trên doanh thu khi thuộc một trong các trường hợp quy định tại khoản 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 và 11 Điều 14 Nghị định 126.
b) Căn cứ ấn định thuế
Căn cứ cơ sở dữ liệu của cơ quan quản lý thuế và cơ sở dữ liệu thương mại; tài liệu và kết quả kiểm tra, thanh tra còn hiệu lực; kết quả xác minh; doanh thu tối thiểu của 03 cơ sở kinh doanh cùng mặt hàng, ngành, nghề, quy mô tại địa phương; trường hợp tại địa phương, cơ sở kinh doanh không có hoặc có nhưng không đủ thông tin về mặt hàng, ngành, nghề, quy mô cơ sở kinh doanh thì lấy thông tin của cơ sở kinh doanh tại địa phương khác có cùng điều kiện tự nhiên và phát triển kinh tế để thực hiện ấn định doanh thu tính thuế.
c) Trên cơ sở doanh thu đã ấn định, cơ quan thuế xác định số thuế phải nộp theo quy định của pháp luật thuế hiện hành.